Energia wodna ma bardzo mały wpływ na klimat i środowisko w szerszej perspektywie. Jednak duże elektrownie wodne mają duży wpływ na środowisko w bezpośrednim sąsiedztwie elektrowni i cieku wodnego. Prowadzi to do wyraźnych konfliktów interesów.
Rosnące obawy o globalne ocieplenie zwiększyły powszechne postrzeganie energii wodnej i obecnie postrzegane są jako część rozwiązania problemu zmian klimatu. Nie chodzi o to, czy energia wodna jest dodatnia czy ujemna, ale o to, ile nieoczyszczonych cieków wodnych należy zachować i jak zwiększyć bioróżnorodność w rozwiniętych rzekach.